¿Qué es la tecnología iclip?
Los sitios de interacción entre ARN y proteínas se pueden definir con resolución sub-nucleotídica. La tecnología ICLIP puede entrecruzar ARN y proteínas en los sitios entrecruzados dentro de las células mediante estimulación ultravioleta y purificar el ARN y las proteínas unidas mediante inmunoaislamiento de ARN, digestión de proteínas y otros pasos. Se utiliza RT-PCR para amplificar la secuencia de ARN en la muestra purificada y se utiliza tecnología de secuenciación de alto rendimiento para secuenciarla y determinar la secuencia de ARN y la secuencia de la proteína de unión.
A través de la tecnología iCLIP, podemos determinar cuantitativamente los sitios de interacción con proteínas en secuencias de ARN, localizar con precisión los sitios de empalme y edición de ARN e identificar nuevos factores de unión a proteínas relacionados con la regulación del ARN. La tecnología ICLIP se puede utilizar para analizar diversas interacciones entre el ARN y las proteínas, revelando así el mecanismo del ARN en la regulación del ARN, como la regulación de la expresión génica, la regulación del empalme y la edición del ARN.
Cuello de botella de la tecnología iCLIP de China:
El conector de ácido nucleico es uno de los materiales clave de todo el experimento iCLIP. Puede guiar el enriquecimiento del ADN (correspondiente al ARN) desde el principio, aumentar el número de secuencias específicas y ser detectadas, y finalmente "pescar fuera del mar", como si se liberara un "rastreador inteligente de señales". La coincidencia exacta y el anclaje fiel al final de la secuencia son requisitos básicos.
El método doméstico consiste en diseñar cebadores aleatorios, que siempre impactarán en un determinado fragmento. Los cebadores aleatorios no pueden conectarse al sitio de unión del ARN y la proteína. Es necesario diseñar un conector desde cero, sintetizar la cadena de ADN correspondiente y luego "imprimir" el ARN para secuenciarlo.
El "diseño especial" se refleja en la preadenilación y la fosforilación en algunos experimentos, pero este "enlazador" no está disponible en China. De hecho, en países con grandes empresas con fuertes capacidades técnicas y muchos derechos de propiedad intelectual, las empresas de secuenciación genética brindan servicios que incluyen síntesis conjunta, pero estos no se encuentran en China.