Diseño, control de calidad y análisis de experimentos de histología de proteínas.
(2) Muestras
(3) Diseño del proyecto iTRAQ/TMT
La tecnología cuantitativa de etiquetado de isótopos isobáricos in vitro puede simultáneamente Compare las diferencias en la expresión de proteínas entre varias muestras (generalmente menos de 10 muestras).
Principios básicos:
(4) Diseño de proyecto sin etiquetas
Labelfree analiza la expresión de proteínas en muestras de diferentes fuentes comparando la intensidad máxima del ion precursor del péptido espectros de masas. Esta técnica no requiere costosas etiquetas isotópicas como estándares internos.
Principios básicos:
(5) Diseño del proyecto DIA
DIA es una tecnología de adquisición cuantitativa independiente de los datos que divide todo el rango de escaneo del espectro de masas en Se utilizan varias ventanas para realizar la selección, fragmentación y detección de alta velocidad de todos los iones en cada ventana, obteniendo así toda la información de fragmentación de todos los iones en la muestra sin omisión ni diferencia. DIA no requiere especificar el péptido objetivo y los puntos de escaneo son números pares. La confirmación cualitativa y la detección cuantitativa de iones se pueden lograr utilizando bibliotecas espectrales, así como el seguimiento de datos.
Principios básicos:
(6) Comparación de varias técnicas cuantitativas
En términos de métodos de recopilación de datos, iTRAQ/TMT y Labelfree son escaneos DDA tradicionales. , es decir, en cada ciclo de escaneo, solo se recopilan los fragmentos de iones producto de las 10-20 señales de iones originales más abundantes y se pierde la información de iones productos de otras señales, con baja cobertura, alta aleatoriedad y repetibilidad relativamente baja; Exploración DIA El intervalo de masa se establece en múltiples segmentos de ventana en cada ciclo de exploración, y toda la información sobre el ion precursor y sus fragmentos se recopila dentro de cada ventana (la velocidad de exploración es lo suficientemente rápida), por lo que tiene las características de alta cobertura y alta repetibilidad.
(7) Software de búsqueda de bases de datos
(1) Control de calidad cromatográfica
La investigación proteómica se puede analizar desde las siguientes perspectivas:
(2)Nivel funcional