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Cómo calcular la longitud de las regiones codificantes de genes en lotes

A veces necesitamos saber la extensión de la transcripción. Por ejemplo, al calcular FPKM utilizando RNA-seq, para evaluar con precisión la expresión de diferentes genes, es común dividir las lecturas totales que cubren el gen/transcripción por la longitud del gen/transcripción. A veces necesitamos saber la longitud de la región codificante de un gen. Por ejemplo, cuando se utiliza VAAST para evaluar genes candidatos que causan enfermedades, algunos genes siempre ocupan un lugar más alto debido a sus regiones codificantes extremadamente largas (como TTN). Si consideramos la longitud de sus regiones codificantes, ¿cómo obtenemos la longitud de las regiones codificantes de los genes? Este problema parece simple, basta con sumar la longitud de cada exón. Para una sola transcripción, puede consultarla a través de la base de datos CCDS del NCBI, pero un gen tiene múltiples transcripciones y la región codificante de cada transcripción se superpone, por lo que la región codificante del gen no es una simple adición. Por lo tanto, no es fácil obtener con precisión la región codificante de cada gen y actualmente no existe una base de datos preparada. Después de una búsqueda en línea realizada por Youxia, los métodos relevantes se compilan a continuación para su referencia. Primero descargue el archivo de anotación genética GTF del sitio web de sanger FTP://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/gencode _ human/release _ 19/gen code y luego use GTF. la biblioteca R. El kit de herramientas GenomicFeatures (características genómicas) en txdb lt; -makekortdbfromgff("yourfile.GTF", format = "GTF") recopila el número de región codificante de cada gen, exons.list.per.gene

Pruebas e interpretación genética (GH _ 561c4cccc5356)

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