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Introducción a la PCR digital

Como herramienta eficaz y de uso común en la investigación de ciencias biológicas, los sistemas de PCR digitales han sido ampliamente aceptados y han comenzado a ingresar al mercado clínico. El sistema de PCR digital Qualcomm-Naica HT lanzado por la empresa francesa Stilla Technologies, combinado con el nuevo chip Opal, aumenta efectivamente el rendimiento 4 veces en comparación con el sistema de PCR digital Naica HT.

Además, la empresa lanzó un proyecto de desarrollo para un sistema de detección de PCR digital de 6 colores para mejorar las capacidades de detección del sistema y buscar oportunidades de cooperación con el campo de diagnóstico y los fabricantes de reactivos de diagnóstico.

Caroline Charky, vicepresidenta de operaciones comerciales de Stilla, presentó en la conferencia SLAS de febrero de 2019 el sistema de PCR digital de Qualcomm Naica HT y el nuevo chip Opal, que puede detectar ≥240 muestras por día y realizar Won. el Premio NPA Nuevo Producto en esta conferencia.

Charky dijo: “El chip Opal utiliza la misma tecnología de microfluidos que el sistema Naica de primera generación para generar gotas dentro del chip. En comparación con el sistema Naica de primera generación, la plataforma Qualcomm Naica HT y Opal The. El chip aumenta la capacidad de muestra y es más competitivo en precio.

El sistema de PCR digital Naica consta de tres partes: el dispositivo Geode incluye pasos de generación automática de gotas y amplificación por PCR, en una matriz de gotas autoensamblada. la amplificación dura aproximadamente 1 hora. El sistema de análisis y lectura de gotas Prime3 puede leer fluorescencia de tres colores y leer 12 muestras en 10 minutos. El análisis de datos de Crystal Miner puede identificar automáticamente cada gota negativa y positiva en la fluorescencia de tres colores y, finalmente, calcular el contenido absoluto del ADN objetivo.

“El chip de zafiro utilizado en el sistema de PCR digital Naica es un chip de primera generación que puede procesar 4 muestras, 3 chips a la vez, y puede realizar ≥60 muestras por día. Asia y Estados Unidos, muchos clientes tienen necesidades de alto rendimiento. Ahora, con el sistema de PCR digital de alto rendimiento Naica HT, se pueden procesar 65,438+06 muestras simultáneamente en un chip de ópalo del mismo tamaño que el zafiro, y se pueden procesar 48 muestras. correr en una reacción “, dijo Sharki.

Mientras realizaba una investigación de mercado, Stilla descubrió que algunos laboratorios, especialmente los de pruebas de alimentos, tienen aplicaciones en el campo de la oncología, como el diagnóstico complementario y la monitorización de medicamentos para pacientes con tumores, así como experimentos QCPR a gran escala que requieren qPCR digital para verificar los resultados negativos. Todas las habitaciones tienen necesidades de Qualcomm.

El sistema de PCR digital Naica HT Qualcomm también puede realizar reacciones múltiples de tres colores. Cada experimento dura 2,5 horas y se pueden realizar cinco experimentos por día. Charky dijo: "El sistema de PCR digital Naica HT Qualcomm puede detectar 240 muestras por día, lo que significa que puede detectar 720 genes objetivo".

En comparación con los chips de zafiro, el volumen de reacción de los chips de ópalo es más pequeño.

"En el chip Opal, reducimos el volumen de reacción de 25 microlitros a 8 microlitros", dijo Charky. "Se pueden utilizar menos reactivos", dijo. Para experimentos que requieren mayor sensibilidad, el chip Opal tiene la estrategia de ensamblar dos o tres pocillos de reacción cerrados. Con un intervalo de confianza del 95 %, la sensibilidad puede alcanzar 0,2 copias/25 μl. El sistema de PCR digital Qualcomm Naica HT es compatible con chips de zafiro y chips de ópalo. El sistema de PCR digital Naica se puede actualizar al sistema de PCR digital Qualcomm Naica HT.

Wanggao Jonaya, científico senior de la División de Diagnóstico Rápido de Abbott Laboratories, está utilizando el sistema de PCR digital Naica de Stilla para el desarrollo de productos. Compraron un sistema de PCR digital Naica hace dos años para PCR en gotas y RT-PCR en gotas. Planean comenzar a utilizar chips Naica HT y Opal. Joneja cree que el sistema Naica requiere menos operaciones manuales, menos consumibles y es fácil de operar. Al mismo tiempo, se señaló que Stilla tiene una función de seguimiento de datos para facilitar el control de calidad de los datos y verificar los resultados de los datos originales. Joneja señaló que el laboratorio definitivamente no encontrará el sistema de detección de tres colores y comprará el sistema de detección de dos colores.

En una entrevista de seguimiento, Charky señaló que la patente de Stilla es completamente diferente a la de Bio-Rad. “Cada parte es diferente”, dijo. "Esta es una tecnología completamente diferente".

Mientras tanto, Stilla está desarrollando un sistema de PCR digital para la detección de seis colores para detectar múltiples genes objetivo. "Somos la primera empresa del mundo en desarrollar un sistema de PCR digital de seis colores", afirmó Charky.

Como se informó anteriormente, en 2017 se publicó un método de PCR digital de tres colores para detectar mutaciones de EGFR. Este mes, se publicó en la revista Oncotarget un método de biopsia líquida para detectar mutaciones relacionadas con el cáncer de pulmón de células no pequeñas. , especialmente la sensibilización y resistencia a los medicamentos de la mutación del gen EGFR.

“El sistema de PCR digital de seis colores todavía está en la fase de prueba y se espera que Stilla se lance en 2020 o 2021”, dijo Charky. "Nuestra empresa, como fabricante de instrumentos, está desarrollando reactivos con empresas que utilizan Naica para desarrollar y optimizar reactivos", dijo Charky.

“Una empresa alemana de investigación y desarrollo que utiliza el sistema Naica está desarrollando un método de detección por PCR digital para OGM. Stilla planea lanzar una solución completa en colaboración con esta empresa, y otra empresa en Montpellier está desarrollando CTC y un kit de biopsia líquida. la compañía también está desarrollando su propio programa clínico", afirmó Charky. "El producto y los proyectos de I+D existentes finalmente están preparados para CE-IVD".

Han pasado tres años desde que la empresa lanzó el sistema Naica en 2016, afirmó Charky, y recientemente recibió financiación de Illumina. También es socio del proyecto Lima para mejorar la atención del cáncer, liderado por la Unión Europea y Royal Philips.

El año pasado, Stilla ganó una licitación pública de un consorcio de 39 hospitales de París para completar la adquisición del sistema Naica durante los próximos cuatro años. Charky dijo que para respaldar el rápido crecimiento del negocio, la empresa se está expandiendo y triplicará su área para fines de este año.

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